Junker war 1936 als Sohn einer Handwerkerfamilie in Aschaffenburg geboren. Er engagierte sich in der Muttergottespfarrei, machte 1958 das Abitur und trat 1962 in das Eichstätter Noviziat der Kongregation der Oblaten des hl. Franz von Sales ein. 1966 wurde er zum Priester geweiht, wirkte danach in Niederöstereich, Oberbayern und Hassfurt. Von 1987 bis 2002 war er Pfarrer in Unterhohenried, Augsfeld, Königsfeld und Prappach. Nach der Auflösung des Ordenshauses in Haßfurth siedelte er im September 2002 in das Salesianum Fockenfeld bei Konnersreuth i.d. Oberpfalz. Dort ist ihm die Pfarrseelsorge für Leonberg und Wernersreuth anvertraut.
Für seine Verdienste im Bistum Würzburg erhielt Pater Junker im August 2002 die Liborius-Wagner-Medaille.
Seinen runden Geburtstag feierte Junker am 11. März mit einem Dankgottesdienst um 19 Uhr in der Pfarrkirche von Wernersreuth.
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