Junker wurde 1936 in Aschaffenburg geboren. Er besuchte von 1948 bis 1958 zunächst das Gymnasium im bayerischen Obermedlingen, dann in Borken (Nordrhein-Westfalen). 1960 kam Junker nach Eichstätt und begann das Philosophiestudium. Dabei verspürte er seine Berufung zum Ordensleben und begann 1962/63 seine Ordensausbildung bei den Oblaten des heiligen Franz von Sales mit dem Noviziat in Eichstätt. Danach studierte er bis 1966 in Eichstätt Theologie und legte dort am 19. März 1966 seine Ewige Profess ab. Im gleichen Jahr wurde er am 29. Juni in Eichstätt zum Priester geweiht. Danach wirkte er bis 1968 als Kaplan in Leobersdorf in Niederösterreich. Weitere Stationen waren im Anschluss bis 1969 die Münchener Pfarrei Sankt Matthäus sowie bis 1970 Artstetten und Pöbring in Niederösterreich. In Haßfurt war Junker 17 Jahre lang als Kaplan eingesetzt. 1987 wurde er Pfarrer von Unterhohenried und Augsfeld und ab 1994 zusätzlich Pfarrer von Königsberg und Prappach. 2002 ging Junker nach Fockenfeld, wo er als Pfarrer von Leonberg und Wernersreuth wirkte. 2016 ging er in den Ruhestand, half aber weiterhin in der Pfarrseelsorge mit. Als die Sales-Oblaten beschlossen, das Ordensgymnasium in Fockenfeld zu schließen, kehrte er im Jahr 2020 in das Salesianum Rosental nach Eichstätt zurück, wo sein Weg als Ordensmann und Priester begonnen hatte. Für seinen Einsatz als Seelsorger wurde Junker 2002 vom Bistum Würzburg mit der Liborius-Wagner-Plakette geehrt. 2005 ernannte ihn die Diözese Regensburg zum Geistlichen Rat. Die Beisetzung findet am Donnerstag, 25. Januar, um 14 Uhr auf dem Ordensfriedhof im Rosental in Eichstätt statt. Im Anschluss wird für den Verstorbenen in der Kapelle des Salesianums Rosental das Requiem gefeiert.

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